Según el Reglamento de Funcionamiento del Comité Español de Matemáticas, sus órganos de gobierno son el Consejo General y el Comité Ejecutivo.


El Comité Ejecutivo es el administrador de los asuntos del CEMAT y su órgano ejecutivo. Está formado por dos representantes de la RSME, dos representantes de la SCM, dos representantes de la SEMA, dos representantes de la SEIO, un representante de la SEIEM y un representante de la FESPM.